Avant 1960, la formation des futurs cadres de direction – appelés agents de direction et agents comptables – des organismes de sécurité sociale était assurée par le Cours supérieur de l’école nationale de sécurité sociale (rattaché à la Fédération Nationale des Organismes de Sécurité Sociale et à l’Union Nationale des Caisses d’Allocations Familiales).
Par décret du 12 mai 1960, est créé à Paris le CESSS, Centre d’Etudes Supérieures de Sécurité Sociale. Cette école est chargée de la formation et du perfectionnement du personnel d’encadrement et de direction des organismes de Sécurité sociale. Le décret du 10 juin 1977 érige l’école en établissement public à caractère administratif; elle devient CNESSS, Centre National d’Etudes Supérieures de Sécurité Sociale. Le CNESSS s’installe à St Etienne en 1978.
L’article 62 de la loi du 13 août 2004 transforme le centre en Ecole Nationale Supérieure de Sécurité Sociale, EN3S. Ce changement de nom a notamment pour objectif une meilleure adaptation aux enjeux d’évolution du système de protection sociale, et de renforcer l’attractivité de l’école (en particulier auprès des étudiants de l’enseignement supérieur).
L’accès à l’EN3S se fait par concours. Le concours interne est destiné au personnel des organismes de protection sociale; le concours externe est ouvert aux diplômés de l’enseignement supérieur titulaires d’un diplôme sanctionnant 3 années d’études post-bac.
L’école a formé plus de 3300 élèves depuis sa création.